十九大报告中,把建设科技强国摆在了国家战略的高度。高校作为国家科学技术研究的主力军,承担着培养科技人才、增量科研产出的责任和义务,当前复杂的国际形势和激烈的竞争环境下,为加快科研创新进程,国家进一步加大对高校的科研经费投入。近年来,高校人才队伍建设和办学规模日益扩大,但由于我国高校等事业单位内部控制研究起步较晚,科研经费的管理控制工作滞后,一系列的财务舞弊和财务错误问题暴露在大众面前,若不能有效的控制科研经费的使用和管理工作,势必对高校的形象产生负面影响。内部控制工作的开展是保障高校科研经费财产安全、合法合规使用的有力手段,要完善高校科研经费的内部控制,判断其科研经费内部控制是否有效是工作基础。因此,本文就高校科研经费内部控制有效性评价展开了研究,汇总了现有的评价方法,分析了各方法优点与弊端,选取评价结果相对直观的层次分析法和模糊综合评价法;基于层次分析法,翻阅文献并参照现有规章指南,从单位层面设计有效性和业务层面执行有效性两方面,构建高校科研经费内部控制评价指标体系,对H省5所高校的专家发放问卷确定指标体系权重,保证了评价体系的普适性;以案例分析的形式选取HN大学为案例对象,运用模糊综合评价法计算其单位层面和业务层面各指标的评价结果并对结果展开分析,发现:（1）单位层面设计有效性一般,整体存在较大完善空间;（2）业务层面执行有效性一般,需着重完善薄弱环节;最后,从内部控制五要素提出提高地方高校科研经费内部控制有效性的建议。