高性能集群的应用非常的广泛,一般用在高计算量,密集型任务中。在现实应用上,高性能集群一般用于理论化学,量子物理,气象预报,气候研究,分子模拟(计算分子结构和生物学特性的化合物,高分子,聚合物和晶体等),物理模拟(如模拟在风洞中的飞机工作状况,模拟爆轰,核武器研究,核聚变研究)等问题的研究上。化学已经发展成为实验与理论并重的科学,理论化学可以更深刻地揭示实验结果的本质并阐述规律,理论化学的每一次重大突破,都推动和影响整个化学学科及相关学科的发展,理论化学和实验化学已成为推进化学发展的双翼。1998年诺贝尔化学奖授予两位量子化学家W. Kohn和J. A. Pople,理论化学计算方法已经成为化学、物理和生命科学等基础学科研究以及药物、材料工业研发等不可或缺的组成部分。现在,理论化学研究的重大进展使整个化学正在经历着一场革命性变化。如今,高性能计算已经成为理论化学计算应用的重要手段,国家也不断的加大投入,从最早只能从国外进口设备,到国内企业不断涌现追赶,实验室使用的高性能集群,从国内的曙光5000A,联想1800,浪潮天梭到国外SGI3800,3900,在我国高性能计算事业发展步伐加快,对于高性能计算平台搭建的案例非常的少,尤其是采用HP、IBM等国外大公司设备的案例更加的少见,文章通过采用多台IBM eServer P575小型机组建应用于理论化学计算的高性能平台,是一种新的尝试。本文将重点介绍采用IBM eServer P575小型机组建集群具体实施方法,并在其上安装化学软件,进行调试,进行运算和运算对比。分析在实际使用中,对于不同构造的高性能集群应如何更合理使用。本文反映了作者的主要研究成果,包括以下内容:一、深入细致的介绍了以多台IBM eServer P575小型机组建高性能集群的方法,在全国范围内,这是同时期内第一个采用IBM Power5系列处理器小型机的案例,并且使用多台组建集群。二、为集群安装AIX5L操作系统,该系统源于大型机,具有系统高完整性,系统可管理性和高可用性。并采用GPFS文件系统,在软件层面提高对数据的存储使用高速稳定性,利用IBM LoadLeveler进行作业调度平衡系统负载,提高作业提交效能。三、详细介绍应用于高性能计算的理论化学软件在集群上的安装方法和配置过程,以及实用中的注意事项。理化软件使用者很多,但是由于商业软件的价格动辄数十万,针对个人用户很多都是使用盗版破解版,并没有详细的安装方法,并且即使拥有正版版权的用户也很少同样拥有大规模集群用于计算。本文的工作为用户提供了有益的参考。四、在组建高性能集群系统上进行应用实例的测试,对集群上使用不同资源情况下,软件可用性对比分析,并得到了宝贵的实验结论,为如何更合理的使用集群资源提出了更多设想。