【摘 要】
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目的 采用宏基因组学联合其他检测技术对1起志贺菌暴发事件进行病原学分析,为探索快速精准的暴发病原检测提供依据.方法 对采集的8份粪便样本进行核酸提取,进行宏基因组学二代测序,用CLC Workbench软件进行质控和生物信息学分析,对样本进行食源性致病菌多重聚合酶链式反应(poly-merase chain reaction,PCR)检测、细菌分离培养、脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PF-GE)分子分型、全基因组SNP (whole genome sin
【机 构】
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济南市疾病预防控制中心细菌性疾病检验所,山东济南 250021
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目的 采用宏基因组学联合其他检测技术对1起志贺菌暴发事件进行病原学分析,为探索快速精准的暴发病原检测提供依据.方法 对采集的8份粪便样本进行核酸提取,进行宏基因组学二代测序,用CLC Workbench软件进行质控和生物信息学分析,对样本进行食源性致病菌多重聚合酶链式反应(poly-merase chain reaction,PCR)检测、细菌分离培养、脉冲场凝胶电泳(pulsed field gel electrophoresis,PF-GE)分子分型、全基因组SNP (whole genome single nucleotide polymorphism,wgSNP)聚类分析.结果 8份粪便样本经宏基因组学测序分析均检出宋内志贺菌,与分离培养结果相一致.多重PCR检出7份粪便样本志贺菌条带呈阳性,均未检出其他病原.经PFGE和wgSNP聚类分析后可知此次暴发事件是由宋内志贺菌引起.结论 宏基因组学技术可用于食源性疾病暴发事件病原调查,与传统检测方法相比具有独特的优势.
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