提高种粮农民收益是现阶段确保粮食安全的根本之策。基于制度变迁理论，结合政策梳理与实践归纳，本文剖析了长期保障种粮农民收益的重要内涵和内在理论逻辑，严格讨论了种粮农民收益和农民收入的辩证关系，总结出了保障种粮农民收益的核心要义。研究得出，保障农民收益的政策主要是依据经济理论与实践经验而动态调整的，对提高农民收入和夯实我国粮食安全根基起到了至关重要的作用。现阶段中国保障种粮农民收益的制度设计是政策变迁的必然结果，也蕴含了固有的经济逻辑、制度依据和社会道义。保障种粮农民收益首先需要破除收益和收入的“等同论”、确立“包含论”与划清“外延论”。从长远来看，保障种粮农民收益的关键问题是对发展阶段与成果共享、长期目标与短期效益、政府管控与市场改革、自然环境与生产经营、地权分配与公平效率之间的平衡协调。为此，本文建议未来在设计与完善保障种粮农民收益的长效机制时，首先应该实施稳定长效的惠农政策，其次要提高种粮农民应对自然风险的能力，再次要“有能力、有底气、有方式”从容应对市场风险，最后是要严格保护种粮农民的耕地资源与实现“善耕者有良田、成规模”。