水稻抽穗期控制候选基因的SNP/InDel多态性分析

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抽穗期是水稻的一种重要农艺性状,但其遗传控制机理还不清楚.本文利用数据库搜索的方法,搜索并分析了30个与拟南芥光周期调控途径花期控制基因同源的水稻基因.利用水稻多态性数据库,得到了发生在这些基因以及Hd6、Ehd1、OsSOC1上的820个SNP及191个InDel位点.分析表明,这些位点不是平均分布到每个基因上.SNP/InDel含量较高的基因存在SNP/InDel的热点片段.14.1%的SNP位点,及7%的InDel位点分布在基因的编码区.本文也分析了侯选基因侧翼5Kb范围内的SNP/InDel多态性
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