乳头瘤病毒（PV）是人类和动物的一种重要病原体，具有严格的宿主特异性。已报道14种PV可以感染马，其中在我国新疆地区发现马携带马乳头瘤病毒1型（EcPV-1）、人乳头瘤病毒18型（HPV-18）和HPV-23。为进一步调查新疆地区马匹携带PV的类型，本研究利用高通量测序和病毒宏基因组学技术检测伊犁、昌吉3个规模化马场和乌鲁木齐1个马术俱乐部395份样品（205份鼻拭子、140份粪便样品及50份马流产胎儿肺组织样品）携带PV的类型。病毒组学分析显示，马可能携带HPV-115。根据注释到的HPV-115 E6基因序列，设计特异性引物，对所有马及人鼻拭子样品进行E6基因的PCR检测，结果显示，伊犁地区B场马鼻拭子样品中的HPV-115阳性率为7.3%（6/82），其他马场及马术俱乐部的纯血马和汗血马均为阴性，表明HPV-115可以跨种感染马。另外该病毒在B场马流产胎儿肺组织样品中的阳性率为46%（23/50），表明马感染HPV-115可能导致流产。进一步调查显示，HPV-115在马场工人和有阳性马场接触史的人群鼻拭子样品中的阳性率为59.5%（25/42），而无马匹接触史人员鼻拭子样品则呈阴性（0/20），表明该马源HPV-115有经马感染人的风险。同源性分析结果显示本研究测序获得的11株HPV-115 E6基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为99.0%～100%、98.1%～100%；与人源HPV-115参考株GC02 E6基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为98.4%～99.0%、97.1%～99.0%；与EcPV E6基因核苷酸和氨基酸序列同源性分别为32.4%～43.8%、34.6%～45.4%。E6基因的遗传进化分析显示本研究鉴定的11株马源和人源HPV-115形成独立进化分支。本研究首次报道HPV-115可能导致马流产，且其具备经马感染人的风险，该结果为马源HPV感染的防制提供了参考依据。