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苦寒类中药善于清热燥湿以改善机体内环境稳态，目前在临床上被广泛应用于糖尿病、肥胖、炎症、菌群失调等慢性或代谢性疾病，而这些疾病往往都伴随着机体生物钟系统的失衡。改善生物钟失衡可能是苦寒药治疗这些疾病的作用机制之一，同时，在生物钟的调控下，机体新陈代谢及内分泌等行为的节律性波动也可能影响苦寒药的药效。既往对苦寒药在临床应用上的研究大部分集中于胃肠动力及激素等基础研究上，从生物钟基因的角度鲜有见到深入的研究与阐述。因此，本文从临床常用苦寒药对生物钟基因的影响及生物钟基因对苦寒药作用的影响两个方面探讨苦寒药的应用，同时分析二者之间的关系和归纳苦寒药影响生物钟基因共同的物质基础，以期为苦寒药作用多靶点以及指导临床合理用药和中药药性物质基础研究提供参考。