随着我国深入实施“科教兴国”和创新驱动发展战略,我国科技投入呈现快速增长的态势,高等学校的科研经费也在逐年递增,伴随着科研经费管理中出现的问题日益复杂,科研经费内部控制问题日益突出,科研经费的管理层也面临着前所未有的挑战。新形势下,国内各大高校不断加强内部控制,严格执行财务制度,为规范科研经费管理、提高资金使用效益提供了有力支撑。但是,某些高校科研经费管理不善、科研资金使用效益不高等问题仍然普遍存在,科研经费贪污腐败的违法、违纪行为层出不穷,不仅引起了各级管理部门的高度重视,还受到社会大众的广泛关注。种种问题表明:现行内部控制管理体系尚不完善,其设计与运行存在缺陷,亟待进一步优化。本文基于内部控制视角,运用文献研究法、问卷调查法、深度访谈法以及案例研究法,以《行政事业单位内部控制规范》（试行）为依据,从内部控制“五要素”,即:内控环境、风险评估、控制活动、信息与沟通、内部监督五个主要方面着手,通过分析S高校科研经费内部控制制度设计与执行的现状、存在问题及其形成原因,提出了建立健全高校科研经费管理内部控制体系的建议。首先,本文从国内外学者对高校科研经费内部控制相关理论研究的文献资料入手,梳理内部控制的分析框架,结合我国科研经费管理的实际情况,阐述研究背景及意义、研究内容及方法;其次,以S高校为例,分析科研经费内部控制的现状,通过对S高校相关职能部门、科研人员和其它相关人员开展调查研究,分析总结高校科研经费内部控制各职能部门管理的现状、各项制度实施的情况及效果进行了介绍;第三,对S高校科研经费内部控制重点环节内的问题进行整合概括,并对其成因展开分析;最后,提出了改善内控环境,发挥基础作用;增强风险评估,发挥引领作用;突出控制活动,发挥管控作用;建立沟通机制,发挥联动作用;完善审计体系,发挥监督作用的改善建议,以期对我国高等学校加强科研经费内部控制建设工作、进一步提升高等学校内部控制能力、提高科研经费使用效益以及防范科研经费贪污腐败行为贡献绵薄之力。