在新冠病毒的影响下,我国社会全面转入了对抗突发公共卫生事件的非常态中。由新冠病毒引发的突发公共卫生事件是对我国国家治理能力和治理体系,尤其是公共卫生法治体系的重大考验。在应对突发公共卫生事件的的过程中,政府果断采取的隔离措施有效遏制了病毒的蔓延和扩散,但风险的不断叠加已经对我国现行的传染病防控和应急机制带来了挑战。隔离措施作为切断传染病传播途径的手段,在新中国成立之初即已存在相关规范,并随着改革开放带来的发展日渐完善。在SARS爆发期间,为防控病毒传播而实施的隔离措施与既有规范体系产生了较大冲突,对于隔离措施合法性的疑虑直接促成了《突发公共卫生事件应急条例》的出台和《传染病防治法》的修订。在此背景下,新冠病毒引发的突发公共卫生事件中采取的隔离措施在取得实效的同时,仍然面临着公民基本权利与公共利益可能产生的冲突。在现行的法律规范中,“隔离”的表述繁多,以控制危险作为核心内容,可通过区分是否包括治疗这一要素将“隔离”分为狭义和广义两种含义。但是,经由下位规范对法律中概括授权条款的细化,隔离的实施与其控制危险的初衷可能脱钩。同时,政府在突发公共卫生事件的应对中往往发挥着非常积极的作用,而公民的地位则相对受动。这使得政府在实施隔离措施时可能将公民权利置于客体地位,使公民的合法权益更易受到公权力的侵害。历史和实践一再证明,突发公共卫生事件的应对离不开法治的保障,为了均衡公民自由与公共卫生安全需要建立隔离的正当性标准,可尝试将自由视为一种利益,将两者整合到同一坐标系下进行考量。无论是“保权”还是“限权”,政府所代表的公权力都必须对相关的权利界限进行论证,以此作为合理运用公权力的必要条件。为了实现隔离措施的优化,需从隔离措施的细则条款入手,促成规范体系的完善;加速推动紧急状态制度建设,避免非常态的措施常态化;以宪法所保障的人权为依托,在确立隔离措施中普通公民的基本权利限缩底线。