高糖诱导HUVECs基因差异表达的生物信息学分析

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目的 高糖诱导的内皮功能障碍被认为是糖尿病相关心血管并发症的始作俑者。本研究通过生物信息学分析高糖诱导的人脐静脉内皮细胞(HUVECs)基因差异表达,筛选出与糖尿病内皮细胞功能障碍相关的基因,从而探究这些基因在糖尿病相关心血管疾病中的作用机制。方法 从GEO数据库下载数据集GSE49524和GSE87295,两个数据集中都包括了健康妊娠女性和妊娠期糖尿病女性的HUVECs;使用R软件和Perl软件对两个数据集进行矩阵注释、合并及校正;使用R软件(limma软件)筛选出差异基因;应用DAVID软件对差异基因进行生物信息学分析。用Ⅰ型胶原酶从新生儿脐带中消化分离出原代HUVECs,接种并传代培养(2-4代细胞用于实验)。用细胞计数试剂盒-8法和流式细胞术分别测定对照组(5.5mmol/L葡萄糖)、高糖组(30.5mmol/L葡萄糖)、甘露醇等渗组(30.5mmol/L甘露醇)的HUVECs的增殖活性和早期凋亡率。提取对照组和高糖组干预48h后的HUVECs总RNA送至广州基迪奥生物科技有限公司分别对样品中的coding RNA、nc RNA进行表达量分析,并进行nc RNA-coding RNA的关联分析。使用R软件和Perl软件对基因芯片结果进行矩阵注释、合并及校正;之后用R软件(limma软件)筛选出差异基因;并应用DAVID软件对差异基因进行生物信息学分析。使用STRING数据库分析差异基因编码蛋白的相互作用,随后应用Cytoscape软件中的MCODE插件进行分析,筛选出可能的关键基因。结果1.GEO数据库生物信息学分析:共筛选出168个差异表达基因(DEGs),包括96个上调基因和72个下调基因。基因本体(GO)分析表明,这些DEGs富集在血管新生的调控、内皮细胞增殖分化的调控及内皮细胞迁移的调控等生物过程。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析表明,DEGs富集在细胞外基质-受体相互作用、局灶性粘连、蛋白质的消化吸收、磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、胞外信号调节激酶信号通路等。2.高糖诱导的HUVECs基因芯片生物信息学分析:共筛选出568个DEGs,包括267个上调基因和301个下调基因。GO分析表明,差异基因富集在血管舒张调节、B细胞活化、利用细胞内钙源进行钙介导的信号传导、干扰素-γ分泌的正调控、白细胞介素1β分泌的阳性调控、细胞趋化性等生物过程。KEGG通路分析表明,差异基因富集在血小板聚集、细胞粘附、胰岛素分泌等信号通路。STRING数据库分析筛选出1-磷酸鞘氨醇(S1P)、趋化因子受体4(CXCR4)、尾加压素Ⅱ(UII)等可能与高糖对内皮细胞损伤有关的关键基因。结论高糖可能是通过细胞外基质-受体相互作用、细胞粘附、血管舒张调节、干扰素-γ分泌的正调控、白细胞介素1β分泌的阳性调控、细胞趋化性、血小板聚集等生物功能,以及磷脂酰肌醇3激酶/蛋白激酶B信号通路、胞外信号调节激酶信号通路、鞘氨醇激酶-S1P-S1PR信号通路、基质细胞衍生因子1/CXCR4信号通路、UII及其受体(GPR14)信号通路等的作用来调控内皮细胞的功能障碍。
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