党的十九大提出的乡村振兴战略对构建现代农业经营体系提出了新的发展要求,农民合作社作为新型农业经营主体应成为连接政府与农民、市场与农民至关重要的中介组织。然而在实践中,农民合作社往往异化为为政府服务或为企业盈利的工具,其运作过程或由政府强势控制,合作社消极应对,或为企业当作套取政策性补助的“生产车间”,一旦合作社脱离政府和企业的“输血”就无法独立生存,无法带动小农户与现代农业有机衔接,甚至出现一定程度的农民主体地位被剥削、收益权利被侵占现象,并由此导致了一系列政治社会后果。本文以天津市北辰区S镇的XB枣业种植合作社和YH奶牛养殖合作社两家合作社为案例,借助深度访谈和案例分析法,梳理两类合作社的发展成效和治理面临的现实困境,再利用共生理论研究框架从政府、村两委、企业、乡村能人和小农户等合作社治理主体之间的相互作用以及合作社内部和外部环境之间的相互作用力来分析困境的成因。研究发现:政绩取向或盈利取向的合作社,其核心成员在合作社中掌握主导控制权,并制定和执行了偏向于其利益实现且排斥小农户的合作社决策、激励、收益和监督机制,外部环境的政策选择性供给,市场力量难以介入,正式制度和非正式制度的不完善,政府的缺位或越位更加加剧了少数核心社员对小农户社员的利益侵占,普通农民社员无法参与合作社治理,合作社愈加依赖政府或企业,无法拥有独立发展能力。文章进一步根据共生理论提出合作社再联合的对策来利用不同类型农民合作社之间的取长补短、优势互补和互利合作来突破两类单个合作社的发展瓶颈,以及推进合作社股份制改革来保障单个合作社的独立能力。需要注意的是一切措施的前提是需要明晰政府的权力和职能边界,优化其在合作社治理中扮演的重要角色。