NSL组蛋白乙酰基转移酶介导的Yin Yang 1基因转录调控对哺乳动物细胞增殖作用的研究

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含MOF(males absent on the first)的NSL(non-specific lethal)组蛋白乙酰转移酶(HAT)复合物由9个亚基组成,具有在组蛋白H4赖氨酸K5、K8和K16位点乙酰化酶活性。该复合物中有多个亚基与其他表观遗传调节复合物如INO80染色质重塑复合物和MLL/SET组蛋白甲基转移酶所共享,提示这些复合物之间可能存在一些相互作用。NSL复合物在细胞内作用广泛,在调节与组织发育和细胞稳态相关的通路中发挥关键作用。然而,NSL复合物在人细胞中基因组上的分布、调控靶基因及其功能仍不十分清楚。本论文中,我们利用CRISPR/Cas9基因编辑技术成功构建了NSL复合物中的关键亚基NSL3敲除(NSL3-KO)293T细胞系,并以NSL3野生型和敲除细胞系作为实验对象,进行了NSL复合物的催化亚基MOF、关键亚基NSL3、组蛋白H4K16ac、H4K5ac、H4K8ac、H3K4me1、H3K4me2、H3K4me3、H3K27ac、H3K27me3和Pol II的Ch IP-Seq检测。通过高通量生物统计学分析,我们筛选出了包括YY1、KLF6、TAF15、MED30、XBP1和FOXP2等转录因子在内的100多个NSL复合物转录调控的候选靶基因,功能注释结果表明这些候选靶基因主要参与细胞的增殖、生物粘附、运动和代谢过程。YY1是锌指蛋白类转录因子GLI-Kruppel家族成员之一,在哺乳细胞中广泛表达,并参与调控细胞的增殖、分化和胚胎发育。在不同肿瘤中YY1频繁表现异常表达,提示与肿瘤发生和进展密切相关。值得一提的是,YY1在细胞中根据其调控靶基因的不同可以作为转录抑制因子或激活因子发挥作用。我们研究发现MOF和NSL3的Ch IP-Seq募集峰与H4K16ac、H3K4me2和H3K4me3在YY1的转录起始位点(TSS)共定位。在细胞实验中,利用si RNA敲低或过表达NSL3可以影响YY1的m RNA和蛋白质的表达水平,验证了YY1是NSL复合物转录调控的潜在靶基因。进一步,利用YY1和其下游靶基因CDC6的双荧光素酶报告基因实验证实NSL复合物可以影响YY1和CDC6的转录激活。在细胞活力和克隆形成实验中,过表达NSL3可以提高He La和Hep G2细胞增值能力。另外,利用sh RNA敲低NSL3可以抑制Hep G2细胞的增值,这一抑制作用可以通过过表达YY1而部分恢复,说明NSL复合物介导的YY1基因转录调控参与了Hep G2细胞的增殖过程。通过对Ch IP-Seq高通量数据的分析,我们发现H4K16ac、H4K8ac和H4K5ac与转录激活相关的H3K4me2/me3在基因组上分布的相关性较高,而与转录抑制相关的H3K27me3分布的相关性较低。但是,在NSL3-KO细胞中,H4K16ac、H3K4me2和H3K4me3在基因启动子区的分布减少,表明NSL复合物可能通过H4K16ac、H3K4me2和H3K4me3协同调控基因转录。进一步,通过NSL3敲除后的H4K16ac、H3K4me2和H3K4me3富集强度比值变化的聚类分析发现NSL3可以协调H4K16ac、H3K4me2和H3K4me3在一些基因TSS区域的分布。另外,MOF和NSL3在基因组募集靶点的De novo motif分析表明,NSL复合物的DNA结合motifs与KLFs、ELFs和YY1等转录因子相匹配,表明NSL复合物可能作为转录共调控因子在基因转录过程中发挥作用。我们进一步利用YY1基因启动子上游包含相关motif在内的DNA片段进行了EMSA实验,证实NSL3(或NSL复合物)可以结合在YY1的启动子区域。综上所述,本论文通过CRISPR/Cas9介导的NSL3-KO细胞系结合Ch IP-Seq、RNA-Seq、细胞增殖能力实验、双荧光素酶报告基因实验以及EMSA等实验,鉴定了NSL复合物转录调控的潜在靶基因及其相关信号传导通路,证实了YY1是NSL复合物的调控靶基因,阐明了NSL复合物通过YY1参与Hep G2和He La细胞的增殖。本研究为后续相关肿瘤靶向治疗药物的研发提供了新的思路。
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