目前对绵羊差异表达基因的筛选大多聚焦在不同品种的某单一性状上,而利用RNA-Seq技术,结合生长性能、屠宰性能和肉质品质,进而筛选与调控生长、发育和肉质多性状相关基因的研究报道较少。为系统研究小尾寒羊和杜寒F1生长性能、屠宰性能和肉质品质在基因水平的差异,研究选用纯繁小尾寒羊公羔和杜寒F1公羔（各50只）为研究对象,测定生长性能,随后进行屠宰（小尾寒羊和杜寒F1各随机挑选6只）测定比较屠宰性能和肉质品质,对背最长肌进行Masson染色以比较肌纤维的差异,并进行转录组测序和生物信息学分析以探究遗传差异。主要研究结果如下:1.小尾寒羊与杜寒F1的体高、体斜长无显著差异（P>0.05）,但杜寒F1的宰前活重和胸围极显著高于小尾寒羊（P<0.01）。2.小尾寒羊和杜寒F1的胴体净肉率差异不显著（P>0.05）。但胴体重、净肉重、净肉率、骨肉比、屠宰率和眼肌面积小尾寒羊极显著低于杜寒F1（P<0.01）;3.大理石纹评分小尾寒羊极显著低于杜寒F1（P<0.01）,而剪切力小尾寒羊极显著高于杜寒F1（P<0.01）。失水率和肉的红度小尾寒羊显著高于杜寒F1（P<0.05）,但在熟肉损失、肉的亮度和肉的黄度上两组无显著差异（P>0.05）。4.Masson染色结果表明,杜寒F1的平均肌纤维面积大于小尾寒羊（杜寒F1平均=129.243μm2、小尾寒羊平均=108.333μm2）,但差异不显著（P>0.05）,而杜寒F1的单束肌纤维直径却显著小于小尾寒羊（P<0.05）（杜寒F1平均为39.986μm,小尾寒羊平均为43.961μm）。5.杜寒F1群体共注释基因21,176个,其中已知基因20,022个,新基因1154个;小尾寒羊种群共注释基因20,884个,已知基因19,740个,新基因1,141个。6.以小尾寒羊为对照共鉴定出874个差异表达基因（DEGs）,其中457个DEGs下调,417个DEGs上调。这些基因显著富集在653个GO项,共包括14个细胞成分、10个分子功能和21个生物学过程。共有15条显著差异通路。发现有14个独特的GO项与生长和发育密切相关,11个与肉品质或肌肉结构密切相关。发现30个DEGs与生长密切相关、116个DEGs与发育相关,32个DEGs肉质相关。其中FGFRL1、ITGB3、BMP2、PPARD、TNF、CAV1和IFRD1等7个基因在生长、发育和肉质中共表达。7.通过荧光定量PCR技术对7个与生长、发育和肉质密切相关的基因的表达水平进行了验证,并将三个显著差异蛋白质（PPARD,FGFRL1和ITGB3）进行蛋白免疫印迹验证,q PCR和Western Blot验证结果与转录组分析结果具有相似的趋势。研究认为,杜寒F1生长性能、屠宰性能和肉品质优于小尾寒羊,说明杜寒F1较小尾寒羊更具有经济价值。通过GO注释和KEGG富集对差异表达基因进行分析,进一步筛选出与生长、发育和肉质密切相关的关键基因,为绵羊选育提高提供科学依据。