血液微生物与HIV感染和免疫恢复的相关性研究

来源 :中国医科大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:ylwang8866
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目的:随着测序技术和超微结构技术的发展,人们对健康生物个体血液环境“无菌”的认知被打破,且已有研究在健康人群和一些非传染性疾病患者的血液中发现了真实存在的微生物,也证实了血液微生物和复杂疾病之间存在联系。对于获得性免疫缺陷综合征(acquired immunodeficiency syndrome,AIDS)而言,人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染导致患者机体长期处于免疫缺陷的状态,且已有研究证实HIV感染导致更严重的肠道微生物移位,因此血液微生物可能存在于HIV患者血液中并影响着疾病的发生发展。综上所述,本研究的目的是探究微生物在HIV感染者血液中是否存在以及其组成特征,并预测血液微生物在HIV感染中的可能作用机制。研究方法:本研究纳入19例HIV阳性患者和15例健康对照人群,HIV感染者分为免疫应答者(7例)、免疫不应答者(7例)和精英控制者(5例)三组。收集纳入人员全血,收集治疗后患者和健康人粪便样本,提取样本DNA进行宏基因组测序,实行严格的无菌操作控制污染。对测序得到的高质量序列使用两种分类方法(metaphlan和m OUTs)进行物种分析,计算与血液和肠道微生物群落相关的α多样性指数、β多样性指数、物种组成差异和比对KEGG数据库预测血液微生物可能参与的基因功能通路。结果:血液微生物组α多样性分析得到,精英控制者(elite controllers,EC)α多样性显著高于其他各组人群。然而艾滋病感染者与健康对照组之间、免疫应答(immunological responders,IR)患者与免疫不应答患者(immunological nonresponders,INR)、治疗后患者与健康对照组之间差异均不显著。β多样性分析得到,健康对照组与EC组和治疗后患者间血液微生物组成存在差异,EC组血液微生物组成与其他各组也存在差异,但其他组之间微生物组成则相似。血液微生物物种差异分析得到HIV阳性患者血液中富集物种为γ-变形杆菌(肠杆菌科)、放线菌门、从毛单胞菌科和病毒(淋巴隐病毒属、有尾噬菌体目和逆转录病毒等)。EC组血液中富集的微生物群落为以下几种,包括变形菌门(γ-变形杆菌、β-变形杆菌)、从毛单胞菌科和病毒(有尾噬菌体目、淋巴隐病毒属、假单胞菌病毒phi KZ、逆转录病毒属和一些未分类的病毒如细环病毒)。INR组疱疹病毒科(淋巴潜隐病毒属)、未分类的病毒科富集;而IR组中有尾噬菌体目、逆转录病毒属等占优势。我们同时收集除EC组患者外其他纳入人员的粪便标本进行肠道微生物分析,肠道微生物α多样性无论是HIV感染者与健康对照组之间,还是IR组与INR组之间差异均无统计学意义(P>0.05)。肠道微生物β多样性分析得到,HIV感染者肠道微生物组成与健康人群差异显著,但其他各组间微生物组成存在相似性。HIV感染者肠道微生物表现出厚壁菌门(梭杆菌属、瘤胃球菌科、毛螺菌科、负菌)、拟杆菌门(普雷沃菌属、粪杆菌属)、放线菌门(双歧杆菌属、罗斯氏菌属)、韦荣氏菌属等减少,而变形菌门(肠杆菌科、γ变形杆菌、埃希氏菌属)、拟杆菌门(普雷沃菌属)以及未分类的病毒等富集。INR组肠道富集微生物群落有拟杆菌门、厚壁菌门(梭杆菌属、毛螺菌科)和病毒;而IR组肠道中拟杆菌门(普雷沃菌属)、厚壁菌门(毛螺菌科、优杆菌)和放线菌门(双歧杆菌)等富集。通过KEGG分析预测血液微生物可能参与的功能通路,结果得到HIV感染者血液微生物群落主要参与代谢、有机系统和环境信息处理三大通路的基因上调,其中代谢通路以碳水化合物代谢(糖酵解/糖异生、乙醛酸盐和二羧酸盐代谢)、能量代谢(光合作用生物的碳固定作用)为主,有机系统通路中包括感官系统的嗅觉转导通路和免疫系统的NOD样受体信号通路,环境信息处理通路的神经活性配体-受体相互作用和泛素系统。血液微生物同疾病通路(耐药、癌症、丙肝等)和药物相关通路(G蛋白偶联受体)也显示出了相关性。EC组感染者以下通路受血液微生物群落影响较大,其中包括代谢通路中的脂代谢(甘油磷脂代谢、甘油脂代谢)、氨基酸代谢(赖氨酸、β-丙氨酸、精氨酸)和维生素代谢(硫胺素代谢),环境信息处理中的磷酸转移酶通路和细菌分泌系统,细胞过程中包括与细胞生长死亡有关的p53信号通路,和同翻译、复制等相关的遗传信息通路。IR组感染者在线粒体的生发通路、氧化膦酸化、疾病通路(阿尔兹海默症、帕金森、非酒精性脂肪肝)和有机系统通路(循环系统的心肌收缩、生热作用)上受血液微生物影响较大;而代谢通路(果糖和甘露糖代谢、乙醛酸盐和二羧酸盐代谢)、有机系统通路(老化有关的长寿调节途径)、外泌体通路和同转录等相关的遗传信息通路在INR组中富集。结论:1.HIV感染者中精英控制者血液微生物丰富度和组成均与其它各组间存在显著差异。精英控制者和治疗后患者血液微生物在组成上与健康人群存在差异。2.HIV感染者血液中存在特征性微生物群落,精英控制者和治疗后不同免疫应答人群微生物组成也各有特征。3.HIV感染者血液微生物可能参与多种功能通路的调控,且与病毒复制、免疫功能及非艾滋病相关疾病均相关。
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