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河流是人类可利用水资源的主要来源,其水质与人类的健康息息相关。近年来,随着人类活动产生的大量污染物汇入河流,影响了河流水体的理化特性,并进一步影响了河流水体的微生物群落结构和抗性基因的分布。本研究选取长江上游的嘉陵江为研究对象,探究了不同人类活动对不同流域底泥中微生物多样性、菌群结构和四环类抗性基因丰度和分布的影响,揭示了底泥微生物菌群和四环类抗性基因与底泥环境因子之间的关联性。主要结果如下:（1）农村和城市不同的人类活动导致嘉陵江底泥中氮污染物和四环类抗性基因呈不同的分布特征。嘉陵江下游城市段的底泥中氮浓度（铵态氮、硝态氮）显著高于上游农村段（P<0.05）,城市段的经济建设和城市化进程为该段的铵态氮等污染贡献较大,农村的养殖活动和城市的排污活动则是引起四环类抗性基因和可移动遗传元件广泛存在的重要原因。（2）不同的人类活动对嘉陵江底泥微生物群落影响较大,且导致嘉陵江不同区段的底泥菌群组成有差异。农村段的优势门类主要有Proteobacteria、Chloroflexi、Verrucomicrobia、Bacteroidetes,城市段主要由Proteobacteria、Chloroflexi、Acidobacteria组成;农村段优势菌属有Arenimonas、Flavobacterium、Luteolibacter,而城市段主要为Nitrospira、Anaeromyxobacter、Geobacter;农村段的菌群结构在各流域区段之间差异较大,而城市段之间则比较类似;功能菌群上,农村段含有大量反硝化菌,包括Arenimonas、Flavobacterium、Rhodobacter以及Hydrogenophaga,而城市段含有大量硝化细菌Nitrospira和铁还原细菌Anaeromyxobacter、Geobacter以及反硝化菌Thiobacillus。（3）嘉陵江底泥中共检出30种四环类抗性基因和12种可移动遗传元件（MGEs）,四环类抗性基因和可移动遗传元件之间存在显著相关性（r=0.955,P<0.01）,人类活动会影响嘉陵江底泥的基因水平转移。此外,外排泵作用机制和核糖体保护机制是嘉陵江底泥细菌对四环类抗生素的主要抗性机制。农村水源附近（A1、A7）含有更少种类和更低丰度的四环类抗性基因和MGEs,农村养殖场附近（A5、A6）的四环类抗性基因由tet G-02、tet A-02、tet M-01、tet R-02主导,且与该区域优势菌属Flavobacterium和Arenimonas表现为正相关;城市居民区排污口（C1、C4）底泥中的四环类抗性基因主要由tet S、tet D-01、tet PA、tet Q主导,且与该区域优势菌属Nitrospira表现为正相关。（4）通过对环境因子的相关性分析发现:p H、NH4+-N、TN、TP是影响不同段的各流域区段微生物多样性、群落结构、四环类抗性基因和可移动遗传元件分布的重要环境因子,对微生物和抗性基因的种类和丰度也有重要影响。本论文的研究成果对河流生态系统的环境治理和水体环境风险评估可提供一定指导作用,但对河流体系中氮污染的治理机制和四环素类抗性基因去除机理还有待于进一步研究。